随着明军在宁波、绍兴一带的军事力量的增强，倭寇刻意回避明军主力，转而骚扰浙江南部的台州、温州一带。嘉靖三十九年（1560），戚继光充任台州、金华、严州等处参将，等于将他的防区南移了。嘉靖四十年（1561），戚继光准确判断敌情，指挥有方，连战连捷，在台州一战中重创倭寇，基本肃清了浙江沿海的倭患，史称“台州大捷”。
嘉靖四十年（1561）四月，倭寇大举进犯浙江，一时数十处地方出现警情。据当时各地的情报统计，来犯的倭寇船只有数百艘，人数达一两万人。倭寇分兵数处，以小股军队袭扰宁海、奉化，大部队进犯台州。戚继光当时得到胡宗宪的指令是：“贼寇虽然分头入侵，千万不可分兵应敌，中了他们的奸计。应该集中兵力，先摧毁其中最大的敌人，然后依次剿除余寇。”戚继光对这个方针心领神会，便在台州府配备必要的兵力，命其坚守，自己率主力围剿侵扰台州府北面宁海县的倭寇。侵扰宁海的倭寇在得知戚继光军队来援的消息之后，立即逃走。此时，从台州府东面桃渚所入侵的倭寇已经攻至距台州府城仅二里地的花街，兵力薄弱的府城岌岌可危。四月二十七日，戚继光军已经断粮两日，但仍急行军回援台州府，在花街与倭寇激战。戚家军利用火器对倭寇迎头痛击，仅用了几个小时，空腹作战的戚家军便取得了斩首三百零八级、生擒倭酋二人的战绩，而己方仅阵亡数人。据说，战役结束时，午饭刚好做熟。
这时，更多的倭寇已经在台州境内登陆。五月初一日，从台州府东北面健跳所登陆的倭寇二千多人，竟然自毁其船，以示破釜沉舟之决心，想要一举夺取台州府城，攻至台州府城东北之大田镇。当时，戚继光身边仅有一千五百名兵士。他对士兵们说：“以往作战，多是以多胜少，这次作战却是以寡敌众。因此，你们要做到，一不要争割敌人首级，二不要贪恋敌人的辎重，三不要轻易杀害倭寇中的胁从者。这样我们才能打败敌人。”双方在大田一带各自设伏，但未正式交战。对峙三天之后，倭寇见戚家军防守甚严，就决定绕过台州，想从台州府城西面的仙居县往西南进攻处州府。身负台、金、严三处防务的戚继光自然不能让倭寇从自己的防区转扰其他州府，于是先期在仙居的上峰岭设伏，重创倭寇。余寇退至一座小山，负隅顽抗。戚继光命部下竖白旗于山下，令人高呼：“胁从者投奔旗下，可以免死。”一时间，倭寇中有数百人投降。剩余的倭寇最终被戚家军以火攻全部烧死。这一次会战，戚家军使用了火器、藤牌、伏击、仰攻、鸳鸯阵等多种武器及战术，一举歼灭倭寇一千四百多人，使侵犯台州的倭寇遭到毁灭性打击。次年五月，一支倭寇死灰复燃，再次被戚家军讨平。至此，浙江倭患基本平息。抗倭的前线南移到了福建。
从嘉靖四十一年到四十三年（1562—1564），戚继光先后在福建独自或者配合总兵俞大猷取得了横屿、牛田、林墩、平海卫、仙游等大捷，最终平息了福建倭患。残余的倭寇流入广东，但是为患不大。因此，在戚继光等人的支撑下，明王朝的东南海防总算是得到了稳定。但是，北部的边疆却始终未能安宁。
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镇北：朔风边酒不成醉 落叶归鸦无数来（1）
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戚继光的一首《登盘山绝顶》，不知作于何时。盘山，位于天津市蓟县西北，在明代属北方边防的重地之一。所以，这首诗似应作于戚继光镇守北方之时。“朔风边酒不成醉，落叶归鸦无数来”的意境，让一位武将在萧瑟的北风中显得多少有些落寞。然而，戚继光是懂得诗文技巧的：“勒名峰上吾谁与？故李将军舞剑台。”虽有些衰迈之气，但是，雄心未已的豪壮气概，仍然依稀可见。与东南平倭的显赫声威相比，戚继光坐镇北部边疆、抗击蒙古骑兵之事，少为人知。然而，万历初年北部边防的稳定与戚继光是分不开的。
隆庆元年（1567）秋天，戚继光应诏北上。其实，戚继光在浙江平倭的时候，对于北部边防也了若指掌。他曾对朋友汪道昆说过，明王朝的北部边防有五难，就是：一、北部边地绵延数千里，防不胜防；二、鞑靼却可以集中优势兵力，攻击明朝边防最薄弱的环节；三、鞑靼的军队以骑兵为主，来去疾如飘风，不易抵挡；四、明军作战优势乃在火器，但是塞外北风高厉，尘土蔽天，明军常处于下风向，火器不易奏效；五、明王朝北方边镇各自为战，号令不一，划地为防，各不相统。因此，当他接到朝廷将他调往北方练兵的调令时，感到十分棘手。
相对于东南沿海来说，北疆的一举一动更容易招致近在京城的文官们的攻击。而且，负责北部防守的部队，无论是禁兵，还是各镇戍守之兵，或者骄横，或者因欠饷而困顿疲敝，战斗力不济。在私下的交谈中，他对汪道昆说，他想仿效在东南沿海时的做法，在沿边各地招募一支由车兵、骑兵、步兵混编的精锐部队。因此，在到达京城之后，戚继光向朝廷上了《请兵破虏四事疏》，要求朝廷在兵员、粮饷、练兵事宜上给他更大的权力。这一上疏，包含了戚继光整顿北部边防的一揽子计划。但是，据说是由于流言之故，戚继光被任命为神机营副将，统领的不但不是原先所期望的十万或者五万雄兵，而是那老大而腐朽的京营。
时间一过就是半年，凑巧戚继光当初在浙江平倭时的上司谭纶出任蓟辽保定总督。谭纶集结了三万步兵，并从南方调来三千浙兵。为训练这些兵士，他请求皇帝让戚继光来负责，得到许可。这样，在谭纶的保荐下，朝廷任命戚继光驻守蓟州（今天津蓟县），总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事，总兵官以下悉受节制。此后，朝廷将同样驻守蓟州的总兵郭琥调走，事权统一于戚继光，命其总理练兵事务兼任蓟州、永平、山海等处地方总兵官，专门负责蓟州一带的防务。当初的三千浙兵此时也停调了。戚继光在蓟州任上，主要干了两件实事：一是修边墙；二是练兵。
蓟州位于北京城的东北面，与昌平构成北京的北部门户。但是，这一带的边墙虽然在嘉靖年间曾经有过一番整修，但是却没有筑台，所谓“边墙虽修，墩台未建”。由于边墙修得很薄，又没有用以观测和防御敌人的墩台，因此这一设施如同虚设，根本就无法抵御北方游牧民族的武装袭击。因此，戚继光一方面请求朝廷允许对边墙进行加厚加高，另一方面建议在边墙上设置敌台。所谓敌台，又叫空心台，一般高三四丈，周围十七八丈，以巨石垒成与边墙一样高的台基，但台基向外、向内都有突出。台基之上为一虚空的中间，但四面却有箭窗。最上一层为垛口。每个台里，通常可以驻兵三十至五十人，设百总一人，同时可以贮备必要的粮食与军器、辎重，由台头、台副负责管理。敌台的作用，就是在敌军来临的时候，可以举烽火报警，并可登台迎战。每个台后，都会有一部分驻军，负责守卫边墙。总体看来，敌台比原先修建的砖石小台更为雄伟，所以更容易发挥防守的作用。而且，依托敌台，士兵们还可以就近屯田，解决军粮问题。这样一来，每一个敌台就像一个小型的城池。明廷同意了戚继光的建议，但是却将应修敌台的数量由三千余座减到一千余座。到隆庆五年（1571）秋天，东起山海关，西至镇边（今北京市昌平区西部），一千余座敌台随其地势高下，突兀参差，各自矗立，蔚为壮观。戚继光为每座敌台配备了固定的台军，著《哨守条约》，让士兵们学习。敌台不仅充当防御工事，也充当烽火台。在敌台之间，再利用原有的砖石小台作为烽火台，设守军五人。一旦有敌情，距离仅相隔一里的烽火台就可以纷纷举火传烽为号，而敌台的守军则准备迎战。通过戚继光的整顿，北京东北部的防御工事终于得到改善，故《明史》称：“（蓟镇）十七年间，易大将十人，率以罪去。继光在镇十六年，边备修饬，蓟门宴然。”
戚继光在蓟州，也注意练兵事宜。由于北方兵卒未经训练，如果在修建边墙中以军法处置，怕他们一时受不了，戚继光重提调浙兵之议，请示朝廷从浙江调三千浙兵。据说，浙兵来到蓟州的时候，正好下着倾盆大雨。雨下了大半天，浙兵站立于郊外，虽然浑身湿透，但军容十分齐整。这使得北方兵卒大惊，自此知道了戚继光军令的严肃。
在蓟镇的几年里，戚继光完成了一部军事著作——《练兵实纪》。在书中，戚继光系统地提出了他的练兵理论。他认为，关于练兵，一要重视对士兵的平日训练，二是要循序渐进，不能急于求成。他认为，士兵们应当重视平日里的教场操练，把训练当作真正临阵抵敌一般来体验，甚至平时不训练的时候也要“一心想着杀贼，蓄养锐气，军容整齐”。练习之法，先练“伍法”，即队伍之间的整合，其次练胆气，再次练耳目，再次练手足，最后练营阵。首练伍法，看得出戚继光对于军纪的强调，而对于士兵的个人能力，却是首重“胆气”。这种理论说明戚继光是一个非常重视精神训练的将领。他练兵，不是练单纯的武艺，而是要练就一种军魂，一种气魄。
蓟州练兵收到的效果非常明显。当隆庆六年（1572）汪道昆代表朝廷巡视蓟镇时，戚继光在汤泉（今河北遵化县北）组织了一次有十万士兵参与的演习。