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在党组织帮助下，在人民军队的大熔炉和抗日战争烽火硝烟的考验中，马本斋的政治觉悟迅速提高，他深深地感受到党的伟大，决心加入中国共产党，为党的事业，为打败日本侵略军，为祖国和民族的解放而奋斗。他在入党申请书中写道：“我甘心情愿把我的一切献给伟大的中国共产党，献给为回族解放和整个中华民族的解放而奋斗的伟业。”1938年10月，马本斋光荣地加入了中国共产党。
1943年底，马本斋在率部参加冀鲁豫抗日根据地反蚕食战斗中，颈后长了毒疮。由于战事繁忙，加之缺医少药，未能及时治疗，不久病情加重。1944年1月底，回民支队奉命开赴延安。出发前，他抱病为部队作了最后一次动员，叮嘱同志们“要跟着党，跟着毛泽东同志，抗战到底!”同年2月7日，马本斋在山东莘县不幸病逝，时年42岁。